舌咽神经痛的手术一般分为微血管减压手术、脉冲射频手术等。每种手术的风险都有一定的差异。虽然这两种手术的风险通常都不高，但也不排除出现并发症的风险。

1.微血管减压手术：是一种微创手术，一般手术风险较低，治愈率较高。手术的主要风险是需要开颅手术将相互压迫的血管和神经分开，因此可能会出现并发症，例如开颅手术时需要抽吸大量脑脊液。术后可能会暴露手术野并发生颅内浸润。血液的刺激可能会减少脑脊液的分泌，导致低颅压症状，例如头痛、耳鸣和头晕。然而，发生并发症的机会相对较低。同时进行麻醉可能会出现呕吐、窒息等问题，但现在微血管减压技术已经比较成熟，手术风险一般都在可控范围内。

2.脉冲射频手术：脉冲射频手术的风险相对较小。该手术使用脉冲电流治疗舌咽神经病变组织。具有定位精确、创伤小、并发症少、一般不损伤神经、可反复治疗等优点。适合药物治疗效果不佳且不想接受微血管减压手术的患者。